Der Nationalpark entspricht annähernd dem früheren Naturschutzgebiet Königssee. Seine Fläche ist etwa 21000 ha groß. Der Nationalpark Berchtesgaden kann als Nachfolger des ehemaligen Schutzgebiet Königsee angesehen werden. Am 15.04.1910 wurde der Königsee mit der ihn unmittelbar umgebenden Bergen zum "Pflanzenschongebiet Königsee" erklärt. Am 18.03.1921 wurde er zum "Naturschutzgebiet Königsee" erweitert.
Am 11.12.1959 erfuhr die Naturschutzverordnung von 1921 eine Neufassung. Am 13.07.1972 wurde die Bayrische Staatsregierung beauftragt, im Naturschutzgebiet Königsee einen Bayrischen Nationalpark zu errichten. Der Nationalpark liegt im Süden des Alpenparks und umfaßt den Südteil der Reiteralpe, den Hochkalter, den Watzmann, den Hohen Göll, die bayrischen Teile des Hagengebirges und des Steinernen Meeres sowie die Täler des Klausbachs, des Wimbachs und des Königsees.
Im Norden das etwa 25000 ha große sogenannte Vorfeld vorgelagert mit den Siedlungsgebieten der Gemeinde Berchtesgaden, Marktschellenberg, Schönau am Königsee, Ramsau und Bischofswiesen; im Vorfeld vorgelagert liegen die Gebirgsstöcke Untersberg und Lattengebirge.